1661年，郑成功收复台湾，沈光文积极协助复台、治台，深得郑成功礼遇。次年郑成功病逝，长子郑经继位后多改其父军政，沈光文作赋相讽，险遭不测，无奈变服为僧，隐居罗汉门山中避难，后迁目加溜湾（今台南善化一带）。